अज्ञातहेतुक रोग कोई भी बीमारी है जिसका कोई अज्ञात कारण या तंत्र है जो स्पष्ट रूप से स्वतःस्फूर्त उत्पत्ति का है।

कुछ चिकित्सा स्थितियों के लिए, एक या अधिक कारणों को कुछ हद तक समझा जाता है, लेकिन स्थिति वाले लोगों के एक निश्चित प्रतिशत में, कारण आसानी से स्पष्ट या विशेषता नहीं हो सकता है। इन मामलों में, स्थिति की उत्पत्ति को अज्ञातहेतुक कहा जाता है। कुछ अन्य चिकित्सा स्थितियों के साथ, सभी मामलों के एक बड़े प्रतिशत के लिए मूल कारण स्थापित नहीं किया गया है - उदाहरण के लिए, फोकल सेगमेंटल ग्लोमेरुलोस्केलेरोसिस या एंकिलोसिंग स्पॉन्डिलाइटिस; इनमें से अधिकांश मामलों को अज्ञातहेतुक माना जाता है।कुछ चिकित्सा स्थितियाँ, जब अज्ञातहेतुक होती हैं, विशेष रूप से मिर्गीऔर स्ट्रोक के कुछ रूप, को क्रिप्टोजेनिक के समानार्थी शब्द द्वारा अधिमानतः वर्णित किया जाता है।