एपीजी-३ प्रणाली (APG III system / Angiosperm Phylogeny Group III system) सपुष्पी पादपों के वर्गीकरण की आधुनिकतम प्रणाली है। यह एपीजी-२ का सम्शोधित रूप है और प्रायः अणु-आधारित प्रणाली है। यह प्रणाली २००९ में आवृत्तबीजी जातिवृत्त समूह (Angiosperm Phylogeny Group) द्वारा प्रकाशित की गयी थी।