क्योतो विश्वविद्यालय (Kyoto University ; जापानी: 京都大学 Kyōto daigaku?), या क्योदाई (京大 Kyōdai?) जापान के क्योतो नगर में स्थित एक राष्ट्रीय विश्वविद्यालय है। यह जापान का दूसरा सबसे प्राचीन विश्वविद्यालय है तथा एशिया के सर्वश्रेष्ठ विश्वविद्यालयों में से एक है। यह विश्वविद्यालय विश्वस्तरीय अनुसंधानकर्ताओं, नोबेल पुरस्कार विजेताओं, दो फिल्ड मेडलविजेताओं तथा एक गाउस पुरस्कार प्राप्तकर्ताओं के लिये प्रसिद्ध है।