किसी जलीय वस्तु (जैसे तालाब, नदी, समुद्र) के परितंत्र (ecosystem) को जलीय परितंत्र (Aquatic ecosystem) कहते हैं। जलीय परितन्त्र के अन्तर्गत वे सभी जलीय जीव-जन्तु (organisms) आ जाते हैं जो उस पर्यावरण पर निर्भर होते हैं या एक-दूसरे पर निर्भर रहते हैं। जलीय परितन्त्र के दो मुख्य प्रकार हैं- समुद्री परितंत्र (marine ecosystems) तथा अलवणजलीय परितंत्र (freshwater ecosystems)।