27 अगस्त, 1966 को, बाइडेन ने अपने माता-पिता की रोमन कैथोलिक से संबंध रखने की अनिच्छा पर काबू पाने के बाद, सिरैक्यूज़ विश्वविद्यालय में एक छात्र नीलिआ हंटर (1942-1972) से विवाह किया; यह समारोह न्यू यॉर्क के स्केनेटलिस के एक कैथोलिक चर्च में आयोजित किया गया था। उनके तीन बच्चे थे: जोसेफ आर। "ब्यू" बाइडेन III (1969-2015), रॉबर्ट हंटर बाइडेन (जन्म 1970), और नाओमी क्रिस्टीना "एमी" बाइडेन (1971-1972)।