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वरुणा नदी वाराणसी शहर में बहने वाली एक छोटी नदी है। शहर में ये नदी गंगा नदी में उत्तर से मिलती है। इसका उद्गम स्थल 25°27′N 82°18′E / 25.450°N 82.300°E / 25.450; 82.300 पर जौनपुर,इलाहाबाद,प्रतापगढ की सीमा पर इनऊझ ताल के मैलहन झील 25°19′46″N 83°02′40″E / 25.32944°N 83.04444°E / 25.32944; 83.04444 पर होता है।यह नदी 202 किमी की यात्रा करके वाराणसी के आदिकेशव घाट पर गंगा में मिलती है।