एक व्यक्ति का शिश्न, दूसरे से कई मामलों में भिन्न होता है। नीचे कुछ अन्तर बताए गये हैं जो असामन्यअसामान्य या विकार की श्रेणी में नहीं माने जाते।आते।
* '''हिरसुटीज़ पैपीलैरिस जेनीटेलिसजेनिटेलिस''' (Hirsuties papillaris genitalis/Pearly penile papules) या मोती सदृश फुंसियाँ जो हल्के पीले रंग की होती हैं और शिश्नमुंड के आधार पर निकलती हैं, एक सामान्य घटना है.
* '''फ़ोर्डाइस के धब्बे''' (Fordyce's spots):, पीले सफेद रंग के 1-2 मिमी व्यास के उभरे हुये छोटे धब्बे हैं, जो शिश्न पर दिखाई दे सकते हैं।
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* '''वसामय विशिष्ठताएं''' (Sebaceous prominences): फ़ोर्डाइस के धब्बे के समान ही शिश्न दण्ड पर वसामय ग्रंथियों में स्थित उभरे हुये छोटे धब्बे हैं, और सामान्य हैं।
* '''फ़िमोसिस''' (Phimosis): यह एक अक्षमता है जिसमे अग्रत्वचा को पूरीपूर्ण रूप से वापस खींचा नहीं जा सकता। शैशव और पूर्व किशोरावस्था में यह हानिरहित होती है। यह 10 वर्ष तक के लगभग 8% लड़कों मे पायी जाती है। ब्रिटिश मेडिकल एसोसिएशन के अनुसार इसके लिये 19 वर्ष की उम्र तक उपचार (स्टेरॉयड क्रीम, हाथ से पीछे खींचना) करने की आवश्यकता नहीं होती है।
* '''वक्रता''' या टेढ़ापन: बहुत कम टेढ़ापनशिश्न ही पूरी तरह से सीधे होते हैं, जबकि अधिकतर शिश्नों मे वक्रता होती है जो किसी भी दिशा (ऊपर, नीचे, दाएं, बाएं) मे हो सकती है। कभी कभी यह वक्र बहुत ज्यादा होता है लेकिन यह शायद ही कभी [[संभोग]] करने मे आड़े आता है। 30° तक की वक्रता सामान्य होती है और चिकित्सा उपचार की जरूरत तब ही पड़ती है जब यह 45° से अधिक होती है.हो। कभी कभी '''पियरॉनी रोग''' के कारण भी शिश्न मे टेढ़ापन हो सकता है।
