पिछली फिल्म में आपने देखा, सिद्धांत आर्या ([[नसीरुद्दीन शाह]]) को हराकर कृष अपने पापा रोहित मेहरा ([[ऋतिक रोशन]]) को उसकी कैद से छुड़ाकर घर ले जाता है। इस फिल्म की कहानी यहीं से शुरू होती है। कृष यानी कृष्णा मेहरा (रितिक) अब अपनी दुनिया में लौट आया है। जहां वह अपनी खूबसूरत पत्नी प्रिया मेहरा ([[प्रियंका चोपड़ा]]) के साथ बहुत खुश है। रोहित भी अब अपने बेटे-बहू के साथ रहकर अपने प्रयोग जारी रखे हुए है। प्रिया एक न्यूज चैनल में एंकर है और कृष्णा किसी नौकरी पर टिक ही नहीं पाता। कृष हर उस जगह मौजूद हो जाता है जहां किसी मुसीबत में फंसे इंसान को उसकी जरूरत है, भले ही इसके लिए उसे नौकरी से ही गायब ही क्यों न होना पड़े। यही वजह है कि हर नौकरी पर वह चंद दिन ही टिक पाता है। प्रिया को कृष की असलियत मालूम है। यही वजह है कि उसके हर कदम पर उसका साथ देती है। दूसरी और काल ([[विवेक ओबेरॉय]]) दुनिया से इंसानों को खत्म करने की नापाक साजिश रच रहा है। काल ने अपने डीएनए और जानवरों के डीएनए से ऐसे अमानव बनाए हैं जो उसकी तरह सोचते हैं और उसके इशारों पर चलते हैं। इन्हीं में काया ([[कंगना राणावत]]) भी शामिल है, जो काल से मिली शक्तियों के चलते पल भर में अपना रूप बदल सकती है। काल दुनिया को तबाह करने के लिए एक ऐसा वायरस तैयार करता है जो इंसानों को मिटाने के मकसद से तैयार करवाया गया है। काल के बनाए अमानव इस वायरस को मुंबई में फैलाते हैं जहां रोहित मेहरा और कृष इस वायरस की तोड़ खोजने में कामयाब होते हैं। काल के इशारे पर काम करने वाली काया और उसके बनाए अमानव रोहित मेहरा और कृष को मारने मुंबई पहुंच जाते हैं।
