इसके बाद ये जांच करनी होती है कि मैलवेयर हटे हैं या नहीं। इसके लिये कुछ उन्नत चरणों का प्रयोग इसमें कंप्यूटर द्वारा तैयार किए गए लॉग की समीक्षा https://cdn.discordapp.com/attachments/700791652952047709/806383479759175690/image0_13.jpg GREGORY और विश्लेषण करना होता है। किंतु ये कार्य या तो प्राधिकृत तकनीशियन द्वारा करवाना चाहिये या उपयोक्ता यदि इन चरणों को सही ढंग से करने के बारे में आश्वस्त हों तभी करें, वर्ना कंप्यूटर के ''HijackThis'' नामक लॉग में सही पंक्तियों को हटाने से कंप्यूटर के लिए गंभीर प्रतिघात हो सकते हैं। यदि कोई मैलवेयर कंप्यूटर को सही ढंग से चालू होने से बाधित कर रहा है, तो संचिका स्कैन और साफ़ करने के लिए एक बूटेबल एंटी-वायरस सीडी का प्रयोग करना होता है। कंप्यूटर को स्कैन करने का यह तरीका सिस्टम संचिकाओंSALAMLAYKUM MY FRIEND में गहरे छुपे हुए मैलवेयर की पहचान करने में सहायक होता है। सामान्य एंटी-वायरस खोज पद्धतियों से कुछ मैलवेयर की पहचान नहीं हो पाती है।<ref name="गूगल">[http://www.google.com/support/websearch/bin/answer.py?hl=hi&answer=8091 संदिग्ध परिणाम और अनोखा व्यवहार: असामान्य पॉप-अप और अन्य मैलवेयर]। गूगल सॉफ्टवेयर सपोर्ट। अभुगमन तिथि:९ जुलाई २०१०</ref> कंप्यूटर पर मैलवेयर द्वारा सेटिंग में किये गए संभावित बदलाव खोजने के लिए कुछ सॉफ्टवेयर एपलीकेशंस आते हैं, जिनका प्रयोग किया जा सकता है। इस श्रेणी का एक उन्नत एंटी-स्पायवेयर एप्लिकेशन है {{सीधी कड़ी|http://www.trendsecure.com/portal/en-US/tools/security_tools/hijackthis HijackThis}}nutzlol। हाईजैकदिस संचिका और सेटिंग का एक लॉग बनाता है, जिसका विश्लेषण करके कंप्यूटर संचिकाओं के बारे में ज्ञात कर सकते हैं कि वे मैलवेयर से प्रभावित हुई हैं या नहीं। हाईजैकदिस का प्रयोग करने के उपरांत, कोई अतिरिक्त मैलवेयर की खोज करने हेतुDEEZNUTZ.INC किसी एंटी-स्पायवेयर प्रोग्राम आदि चलाना चाहिये। इसके बाद सिस्टम को पुनर्स्थापित कर विंडोज़ बैक-अप का प्रयोग कर चालू कर आगे बढ़ सकते हैं।
