संरचनाकृत पारजैविकी में परजीवियों के प्रोटीनों की संरचना का अध्ययन होता है। पारजैविक प्रोटीन संरचना का निर्धारण यह जानने में मदद करता है, कि ये प्रोटीन किस प्रकार मानवों में उपस्थित होमोलॉगस प्रोटीनों से भिन्न कार्यरत है। साथ ही प्रोटीन संरचना औषधि खोज की प्रक्रिया में सहायक होतीं हैं।