इरफ़ान खान का जन्म [[राजस्थान]] में, एक मुस्लिम परिवार में, सईदा बेगम खान और जगदीरयासीन अली खान के घर पर हुआ था। उनके माता पता [[टोंक जिला|टोंक जिले]] के पास खजुरिया गाँव से थे और टायर का कारोबार चलाते थे।<ref>{{cite news | url=http://www.hindu.com/mp/2009/02/14/stories/2009021452931300.htm | location=Chennai, India | work=The Hindu | title=Cutting across roles | date=14 February 2009 | access-date=4 August 2010 | archive-url=https://web.archive.org/web/20090221043902/http://www.hindu.com/mp/2009/02/14/stories/2009021452931300.htm | archive-date=21 February 2009 | url-status=live }}</ref><ref name=eem>{{Cite news|last=O'Connor|first=Ashling|title=From Bollywood to Boston|pages=|publisher=Times Online|date=27 March 2007|url=http://entertainment.timesonline.co.uk/tol/arts_and_entertainment/film/bollywood/article1576324.ece|accessdate=2010-12-04|location=London|archive-url=https://web.archive.org/web/20110615194342/http://entertainment.timesonline.co.uk/tol/arts_and_entertainment/film/bollywood/article1576324.ece|archive-date=15 June 2011|url-status=live}}</ref> इरफान और उनके सबसे अच्छे दोस्त सतीश शर्मा [[क्रिकेट]] में अच्छे थे तथा बाद में, उन्हें साथ में को सीके नायडू टूर्नामेंट के लिए 23 साल से कम उम्र के खिलाड़ियों हेतु प्रथम श्रेणी क्रिकेट में कदम रखने के लिए चुना गया था। दिरभाग्य से, धन की कमी के कारण वे टूर्नामेंट में भाग लेने के लिए नहीं पहुँच सके। <ref>{{Citation|last=Abish Mathew|title=Son Of Abish feat. Vir Das & Irrfan Khan|date=2017-11-10|url=https://www.youtube.com/watch?v=3d7NjfTziNM|access-date=2018-06-29}}</ref>
उन्होंने 1984 में [[नई दिल्ली]] में [[राष्ट्रीय नाट्य विद्यालय]] (एनएसडी) में अध्ययन करने के लिए छात्रवृत्ति अर्जित की और वहीँ से [[अभिनय]] में प्रशिक्षण प्राप्त किया।
