लिंग निर्धारण प्रणाली (sex-determination system) एक जीववैज्ञानिक प्रणाली है जो किसी जीव में लैंगिक विशेषताओं के विकास को निर्धारित करती है। जो जीव अपनी सन्तानें लैंगिक प्रजनन द्वारा उत्पन्न करते हैं, उन सभी जीवों में दो 'लिंग' होते हैं।

गुणसूत्रों के आधार पर लिंग-निर्धारण कई प्रकार से होता है।